Sus acervos resguardan algunos estudios históricos de la entidad, entre ellos los de Luis Castañeda Guzmán, John Paddock e Irmgard Weitlaner Johnson, piones de la antropología oaxaqueña. Inaugurado en 2011, en Centro Académico y Cultural San Pablo participa en el estudio y la preservación del conocimientos y manifestaciones culturales que se están transformando o que se encuentran en vías de desaparición, pero también promueve y abre espacios dignos para las expresiones tanto tradicionales como de innovación.