Las actividades primordiales en esta isla son el descanso y la contemplación del paisaje, sin embargo, pueden realizarse caminatas por la playa, observar a las aves acuáticas que sobrevuelan el mar buscando alimento o pasear en lancha por las lagunas Yalahau, Isla Pasión y Cabo Catoche. Vale la pena visitar la Isla Pájaros, el hogar de diversas aves, entre las cuales se encuentran el pájaro fragata, el ibis blanco, la gacela blanca y roja, el cormorán de doble cresta, la espátula rosada, pelícanos blancos y grises garzas y, por supuesto, flamencos rosas, los cuales migran de abril a octubre para alimentar se de pequeños camarones rojos, mismo que dan el color rosa a su plumaje.
Quintana Roo ha pedido que se reconozcan las Islas de Holbox y Cozumel como parte del programa de Pueblos Mágicos.